A perm során súlyos válságba került az élet. Az időszak kezdetén élő növény- és állatcsaládok kb. 30%-a az időszak végére kihalt. Különösen súlyosan érintette a válság a tengeri gerincteleneket. Kihaltak a trilobiták, és velük együtt a pörgekarúak, a mohaállatok, a tengeri liliomok és korallok egyes csoportjai, amelyek előzőleg hatalmas számban éltek. A folyamat mindent egybevetve jobban sújtotta a vízben lebegő anyagokat fogyasztó fajokat, mint az üledékből táplálkozókat, és azok a fajok is jobban jártak, amelyek könnyebben tűrték a víz sótartalmának változását.
A perm időszaki kihalások hosszú ideje foglalkoztatják a paleontológusokat. Az időbeni egybeesés valószínűvé teszi, hogy a fajok kihalása kapcsolatban áll a Pangea végső összeforrásával. Az új szuperkontinens kiemelkedése vagy a tengerszint süllyedése révén a korábbi epikontinentális tengerek jórészt visszahúzódtak, ez pedig súlyosan korlátozta a sekély, meleg vizek lakóinak életterét. A kontinensek egyesülése, amelyeknek korábban megvolt a maguk jellegzetes élőviláguk, addig soha nem tapasztalt versengésre is vezetett. Egyes fajokra az új helyzettel együttjáró éghajlati változások is hatással lehettek.
Egyes paleontológusok szerint a probléma gyökerét a tengerek sótartalmának megváltozásában kell keresni. A perm időszakában a párolgás során nagy mennyiségű só rakódott le, ami valószínűleg erősen csökkentette a tengerek sókoncentrációját. Az ismert perm időszakból való sólerakódások a jelenlegi óceánok sótartalmának több mint 10%-át teszik ki, amiben nem szerepelnek sem a még ismeretlen lerakódások, sem azok, amelyek időközben újra feloldódtak. Ez a hipotézis magyarázatot ad arra, hogy miért maradtak fenn inkább azok a fajok, amelyek képesek voltak a sótartalom nagymértékű változásaihoz alkalmazkodni.”

Pörgekarú