A gerincvelő vegetatív reflexek központja is. Többek között szerepe van a bélcsatorna mozgásainak szabályozásában. A béltartalom nyomja az utóbél falában levő érző idegvégződéseket, így azokban ingerület keletkezik. Az ingerület az érzőidegroston keresztül eljut a gerincvelő szürkeállományába, ahol áttevődik egy ún. központi vegetatív sejtre. Ennek idegrostja a mellső gyökéren át hagyja el a gerincvelőt, és a bélcsatorna falában levő vegetatív dúchoz fut. A vegetatív dúcban található a végrehajtó neuron, amelynek ingerülete összehúzódásra készteti a bélfal simaizomzatát. Ez a reflex nem tudatosul.
A vegetatív gerincvelői reflexek felépítése lényegesen eltér a szomatikustól. Feltűnő például, hogy a szomatikus reflexben a mozgatóneuron a gerincvelő mellső szarvában található, míg a vegetatív reflexben a környéki idegrendszerben, egy vegetatív dúcban.