Lebontó gombák
A gombafajok többsége lebontó (szaprofiton) szervezet. Sejtjeik olyan anyagokat juttatnak a környezetükbe, amelyek lebontják, ezzel felvehetővé teszik az ott található szerves vegyületeket. Az így átalakított anyagokat a gombafonalak felveszik, és felhasználják anyagcseréjükhöz. A lebontó szervezeteknek a talajban és a vízben található szerves maradványok hasznosításával kiemelkedően fontos
szerepük van az életközösségekanyagforgalmában. A szaprofita gombák közé tartozik például a kalapos gombák többsége, a penészgombák (pl. ecsetpenész) és az élesztők. Az utóbbi csoportba tartozó fajok gyakorlati szempontból is nagyon fontosak, mivel anyagcseréjük során a környezetükben található cukrok atetilalkohollá és szén-dioxiddá alakítják át (alkoholos erjedés). Ez a folyamat többek között a sör és a bor készítésének az alapja. Az élesztő gombákatkenyérfélék, sütemények kelesztésére is használják, mert az erjedés során felszabaduló szén-dioxid könnyűvé, lukacsossá teszi a tésztát.Ecsetpenész
Az ecsetpenészek termelik a közismert baktériumölő antibiotikumot, a penicillint. A mikroszkópos felvételen a gombafonalak és a végükön képződő spórák láthatók.
Élősködő gombák
Az élősködő (parazita) gombák a gazdaszervezettől vonják el a szerves anyagokat. A növényeknek, az állatoknak és az embernek is vannak a gombák közé tartozó kórokozói. A szőlő közismert, veszedelmes kártevője a peronoszpóra. A monília elsősorban a gyümölcsfák parazitája. A lisztharmat a gyümölcsfélék és a dísznövények megbetegedését okozza. Az ember nedves bőrén, elsősorban a testhajlatokban és a lábujjak között, gyakran megtelepednek kórokozó gombák. A fertőzést a bőr viszketése, fájdalmas berepedése jelzi.
Együttélő gombák
Az együttélő (szimbionta) gombafajok többsége hajtásos növényekgyökérzetéhez társuló, ún. gyökérkapcsolt gomba. A gombafonalak helyettesítik a társnövénygyökérszőreit, felveszik számára a talajból a vizet és az ásványi sókat. A gombákanyagcseréjéhez szükséges szerves anyagok a társnövényből származnak. A gyökérkapcsolt gombák rendkívül elterjedtek az életközösségekben, becslések szerint a növényeknek mintegy 70%-a él szimbiózisbangombákkal. A zuzmókcsoportjába tartozó élőlényekgombák és moszatok állandósult szimbiózisának eredményeként alakultak ki.
Peronoszpóra
A peronoszpóra a moszatgombák közé tartozik. (A csoportot a korszerűbb rendszerek nem a valódi gombák törzsébe sorolják.) A peronoszpóra a szőlő veszedelmes kártevője. Sokmagvú fonalai a gázcserenyílásokon keresztül hatolnak be a növény szövetei közé, és szívják el a sejtektől a szerves tápanyagokat.