A reformáció megosztotta Franciaország lakosságát. A francia kálvinisták, az ún. hugenották a társadalom 7%-át tették ki. Nagy részük polgár volt, de növelte erejüket hogy sok nagyhatalmú arisztokrata család is mellettük állt. Elsősorban az ország déli felében volt befolyásuk. A király és környezete katolikus maradt. A két felekezet ellentéte, mely egyben két főnemesi párt hatalmi harca is volt, a 16. század közepétől véres vallásháborúba torkollt. A király (IX. Károly) helyett az anyakirálynő, a firenzei származású Medici Katalin irányította a politikát. Igyekezett a két pártot megbékíteni egymással, ezt szolgálta volna a hugenotta Navarrai Henrik és a király (természetesen katolikus) húga, Valois Margit esküvője is. (Navarra a francia királyság hűbéres tartománya volt Dél-Franciaországban.) A mennyegzőre sok ezer hugenotta érkezett Párizsba. Medici Katalin azonban váratlanul a hugenották ellen fordult, és rávette a királyt, hogy kihasználva az alkalmat, gyilkoltassa le őket. 1572. augusztus 23-án, Szent Bertalan éjszakáján Párizsban kb. 3000 hugenottát mészároltak le, amit hasonló vidéki akciók követtek. Henriket fogságba vetették. A hugenották nem adták fel a harcot. Katolikus oldalon bekapcsolódott II. Fülöp spanyol király is, aki azt remélte, így megszerezheti a francia trónt. A viszály során a Valois ház kihalt, így a trón örököse - legközelebbi férfirokonként - Navarrai Henrik lett. Henrik katolikusokat vett a tanácsába és egyesítette a spanyol megszállás ellen a katolikus és protestáns francia erőket. Áttért a katolikus hitre ("Párizs megér egy misét" - mondta állítólag), Párizs kapui megnyíltak előtte és elfoglalhatta a trónt (IV. Henrik 1589-1610), megalapítva a Bourbon dinasztiát. Kiűzte a spanyolokat, majd korlátozott vallásgyakorlatot biztosított a hugenottáknak, és megtiltotta, hogy bárkit vallása miatt zaklassanak vagy bármely tisztség betöltéséből kizárjanak (Nantes-i ediktum, 1598). Biztosítékul a hugenották megtarthattak másfélszáz erődítményt, állami pénzen tartott helyőrséggel az ország déli részén. Ezzel lezárult a hosszú vallásháború, melynek körülbelül százezer áldozata volt, és amely során külföldre menekült húszezernyi protestáns - főleg iparosok, kereskedők, akikre a legnagyobb szükség lett volna. IV. Henrik támogatta a kereskedelmet: az ő uralkodása alatt kezdődött meg az utak, csatornák építése, mocsarak lecsapolása, kereskedelmi flotta kifejlesztése. Új iparágak honosodtak meg, sok manufaktúra jött létre. Uralma alatt alapították a Francia Kelet-indiai Társaságot, Franciaország gyarmatot szerzett Észak-Amerikában (Kanada, 1608). Az adóbevételeket emelte, de igazságosabban osztotta el. "Vasárnap minden parasztnak tyúk főjön a fazekában" - mondta állítólag. A belső béke és gazdasági fellendülés biztosításával megnyerte magának a társadalom támogatását. A francia történelem talán legnépszerűbb királya lett. Egy idő után nyugodtan mellőzhette a rendi gyűlés egybehívását. Utóda, XIII. Lajos (1610-1643) idején első minisztere, Richelieu (irányít: 1624-42) kardinális vezetésével folytatódott az abszolutiz mus kiépítése. Az állam irányítását egyes területekre szakosodott hivatalok intézték. (Ezek élén a hat miniszter állt, akik a királynak voltak felelősek, az ő határozatait hajtották végre. Innen van nevük is, mely latinul szolgát jelent.) Ezekben a hivatalokban szakképzett, gyakran polgári származású hivatalnokoknak jutott a fő szerep. A szakszerű ügyvitel biztosította, hogy Franciaország helyzete akkor is megingathatatlan maradjon, ha a király közepes képességű (mint XIII. Lajos), vagy gyermek (mint kezdetben utódja). Mindeközben a központban és a tartományokban egyaránt háttérbe szorították a nemesség rendi intézményeit, gyűléseit, bíróságait. A francia királyok 1614-től 175 éven keresztül, egészen a francia forradalomig, nem hívták össze a rendi gyűlést. Igyekeztek a tartományok adózási, törvénykezési, igazságszolgáltatási sokszínűségét felszámolni, egységesíteni - ez az ország nagy részében sikerült is. A központi hatalom fő támasza a bürokrácia mellett a "modern" szervezetű és fegyverzetű, nagy létszámú zsoldoshadsereg volt. A drága hadsereget és bürokráciát a polgárság adóiból tartották el. Richelieu és utódja, a gyermek XIV. Lajos gyámja, Mazarin (főminiszter 1643-61) Európa legerősebb szárazföldi hadseregét, legszélesebb körű uralkodói hatalmát építette ki. Ez biztosította az alapot ahhoz, hogy döntő szava lehessen a nemzetközi konfliktusokban, így a harmincéves háborúban (lásd…). Az uralkodói hatalom ellen számos felkelés robbant ki, melyek néha a fél országot is mozgósították. Élükön a régi rendi monarchiát visszaállítani kívánó hagyományos nemesség állt. Richelieu és Mazarin kíméletlenül leverte valamennyit. Ezek sorába tartozott a hugenotta felkelés is, melynek leverése során a hugenottáktól is elvették váraikat (legnevezetesebb: La Rochelle), melyek a szinte külön országot alkotó területeiket védték, de a nantes-i edictum vallási rendelkezésein egyelőre nem változtattak (1628). Richelieu a gazdaságpolitikában is IV. Henrik politikájának folytatója volt, (a Szenegál torkolatánál létrehozott kereskedelmi telep a francia afrikai gyarmatbirodalom első állomása), emellett a művészetek mecénása, tudományos intézetet hozott létre.