A keresztes háborúk és a német-római császárokon aratott győzelmek tovább növelték az egyház tekintélyét. Ezekben a harcokban az egyház elsősorban világi hatalomként lépett fel, és mire a császárokat végleg maga alá gyűrte, már inkább hasonlított egy jól szervezett államhoz, mint az apostoli egyházhoz. Azaz a clunyi eszmék legfontosabb célkitűzései merültek feledésbe: az evangéliumi szegénységhez való visszatérés és Isten valóságos keresése. De voltak, akik még hittek az eredeti célokban. E mozgalmak többségét az egyház eretneknek nyilvánította és üldözte, néhányat azonban elismert. A vízválasztót az jelentette, hogy e tanok követői elismerték-e az egyház létét és hierarchiáját, vagy azt tagadva, az egyházon kívül akarták megvalósítani elképzeléseiket.

Az eretnek (görög, ‘kiválasztás’) a katolikus magyarázat szerint a teljes igazságból kiválasztja a maga számára azt, ami neki tetszik. Az egyház mindenkit eretneknek tekintett, aki a katolikus hittől eltérő nézeteket vallott. Mivel az egyház tanító hatalmánál fogva egyedül hivatott a Biblia értelmezésére és a dogmák megfogalmazására, ezért senkinek nem állt jogában ezeket a tanokat megkérdőjelezni.

A katharok (‘tiszták’) mozgalma Dél-Franciaországban bontakozott ki, egyik központjukról, Albi városáról albigenseknek is nevezték őket. Elképzeléseik szerint a világ két részből áll, a láthatatlanból (szellemből), amelyet az Isten teremtett, és a láthatóból (anyagi világ), amely a Sátán műve. Minden a világon, ami anyag formájában jelenik meg – a test, az egyház, az ereklyék, a szentségek, a szentmise – a gonosz műve, ezért le kell mondani róla, mert csak így lehet megszabadulni a Sátán hatalmától. A katharok ezért tartózkodtak a vagyonszerzéstől, a földi élvezetektől, és szigorú aszkétikus életet éltek. A mozgalom népszerűségét mi sem bizonyítja jobban, mint hogy a templomok kiürültek, a katharok saját “ősegyházat” szerveztek, püspökeik, iskoláik és árvaházaik voltak, sőt zsinatokat is tartottak! A katharok nagy veszélyt jelentettek az egyházra, ezért III. Ince pápa keresztes hadjáratot hirdettek ellenük. A keresztes hadaknak csaknem húsz esztendeig tartott a mozgalom teljes felszámolása.

Petrus Valdes lyoni kereskedő volt, aki mélyen megrendült egyik barátja halálakor, és innentől hiábavalónak ítélte korábbi fényűző életét. A Biblia tanulmányozása arra indította, hogy vagyonát a szegényeknek adja, ő maga pedig egy apostoli szegénységben élő közösséget alapítson. A társaság tagjai prédikációikban elítélték a papság gazdagságát és mértéktelenségét, akiket méltatlannak tartottak arra, hogy közvetítsenek Isten és ember között. Azt tanították, hogy a Biblia tanulmányozásával elérhető a tökéletes élet és az üdvösség, ezért lefordították a Biblia egy részét a nép nyelvére. Valdes híveit, a valdenseket kiközösítették az egyházból, de tanaik tovább éltek, és újra megjelentek a huszitáknál és a protestantizmusban.

1215-ben III. Ince hívta össze a negyedik lateráni zsinatot, amelyen a legfontosabb téma az eretnekmozgalmakkal való leszámolás volt. Ekkor állították fel az inkvizíciót és ezen a zsinaton kezdődött meg a ferences és a domonkos rend elismertetése is. Az inkvizíció (latin ‘felkutatni, kinyomozni, vizsgálni’) egyházi bírói intézmény volt, amelyet az eretnekek felkutatására és megbüntetésére hoztak létre. Kezdetben a püspökök irányították, de már a 13. század közepén a Domonkos-rend kezébe került.

Az inkvizítorok vezették le a tárgyalást, az eljárásról írásos jegyzőkönyvet készítettek. Előttük bárki felléphetett vádlóként és tanúként is, még akkor is, ha maga is ugyanahhoz az eretnekséghez tartozott, mint akit bevádolt. A vádló nevét titokban tartották, ami lehetővé tette, hogy sokan rosszakaratból személyes ellenségeiket idéztessék bíróság elé. Az eljárásban védők közreműködését nem engedélyezték. A bíróság az eretnekek három csoportját különböztette meg. Az első csoportba azok tartoztak, akik nézeteiket feladták és bűnbánatot tanúsítottak, őket vezeklésnek vetették alá. A második csoport megtérésében kételkedtek az inkvizítorok, ők életük végéig börtönben elmélkedhettek tévelygésükről. A harmadik osztályba azokat sorolták, akik megtagadták tanaik visszavonását, őket a világi hatóságoknak adták ki, ahol a legtöbbször máglyahalálra ítélték őket.

A valdens-mozgalomról (Bernát inkvizítor jelentése a 14. sz. elejéről)

„A valdensek, illetve a lyoni szegények 1170 körül jelentek meg. Egy bizonyos lyoni polgártól, Valdensustól erednek, aki javakban bővelkedett, de mindenét otthagyva elhatározta, hogy ezentúl szegénységben él és az evangéliumi tökéletességre fog törekedni, miként erre példát adtak az apostolok. A maga számára lefordíttatta francia (gall) nyelvre az Evangéliumot és a Bibliának egyik-másik könyvét... Noha ő és követői mindezeket igen gyakran olvasták közösen, csak keveset értettek belőlük, s elméjüknek elbizakodottságával, minthogy kevéssé voltak műveltek, maguknak kisajátították az apostolok tisztét, az evangéliumot merészelték hirdetni falvakban és a városok utcáin...

Amikor a lyoni érsek mindezt megtiltotta nekik, azt felelték, inkább engedelmeskednek Istennek, mint az embereknek. Már pedig Isten megparancsolta nekik, legyenek apostolok és hirdessék az evangéliumot minden teremtménynek. A főpapságot és a papságot megvetették azért, mert bőségben és világi örömökben élnek...

Akiket felvettek ebbe az általuk testvériségnek hívott gyülekezetbe, s akik megfogadták, hogy engedelmeskednek felsőbbségüknek és megtartják az evangéliumi szegénységet, azok attól kezdve kötelesek szűzi életet élni és többé tulajdonnal nem rendelkezhetnek: el kell adniok mindenüket, amijük csak van, s a befolyt pénzt le kell tenniük a közösség kezébe. Ezentúl már csak azokból az alamizsnákból élnek, amelyeket nekik a hívők és a cselekedeteikkel egyetértők adnak.”