Az enzimes hidrolízis a természetben is utolérhető, gyakori hidrolízis forma. A gyümölcsök érése például a hússzövetek meglazulását, puhulását eredményezi, a héj könnyen leválaszthatóvá válik. Ipari alkalmazás terén a kukorica keményítő lebontását, a gyümölcslevek enzimes derítését említhetjük.