A fény
Ha a fényt és az egyéb külső ingereket megvonják az emberektől, szakértők szerint legtöbbünk biológiai órája rááll a 25 órás ciklusra (a megszokott 24 órás helyett). De ha napfény (vagy bármilyen fényforrás) éri az embert, a biológiai óra “lenullázódik”, és inkább folytatja a 24 órás (külső napfény irányította) ciklusait, mint a belső óra által megszabott 25 órásat. A napi ciklusokat a napfényen kívül még számos tényező befolyásolhatja. Ezek az ingerek szintén a külvilágból származnak, és többnyire általunk is befolyásolhatóak. Mik ezek? Például az ébresztőóra csörgése, a szemeteskocsi reggeli csörömpölő zaja, vagy akár az étkezések ideje. Olyanok ezek, mint a metronóm a zenében: adja az ütemet, hogy ezt vegye alapul az illető.
A szervezet biológiai órája
A cirkadian ritmusok a szellemi és fizikai állapotunk napi, rendszeres, szabályos váltakozása, melyet a szervezet biológiai órája szabályoz. Ez a biológiai óra, amit az agyban suprachiasmaticus magnak (SCN) neveznek, gyakorlatilag két gombostűfejnyi agyi struktúrát takar, melyek összesen csaknem 20,000 idegsejtből állnak. A hypothalamus környékén, a látóidegek kereszteződése felett helyezkednek el. A fény, ami a szem ideghártyáját éri, a látóidegen keresztül jut el a biológiai órához. Ebből már gyanakodhatnak arra, hogy a fénynek nagy szerepe lesz a biológiai óra beállításában. Innen, az SCN-ből az információ különféle agyi régiókba jut el, beleértve a tobozmirigyet is, ahol a fény által keltett inger kikapcsolja a melatonin nevű hormon termelését. A szervezet melatonin szintje normálisan megemelkedik, amikor odakinn besötétedik, s ez teszi az embereket álmosabbá. Az SCN irányítja azokat a funkciókat, melyek az alvás-ébrenlét körforgásával együtt változnak. Ilyen például a testhőmérséklet, a hormonkiválasztás, a vizelet-elválasztás valamint a vérnyomás napi ingadozása.