Cimabue freskói a felső templomban
A felső templomba lépve, lenyűgöző látvány tárul a látogató elé. A tágas, jól áttekinthető térben mindenfelé freskók sorjáznak: a hosszház oldalsó falain két sorban, kétoldalt ó- és újtestamentumi jelenetek, alattuk Szent Ferenc életének epizódjai, a keresztházbanKrisztus Passiója és az Apostolok cselekedetei (Evangélista Szent János, Péter és Pál), a szentélyben pedig Mária életének öt jelenete borítja a falakat. A magasan ívelt boltozat kék felületét festett csillagok borítják, de három boltszakaszba figurális ábrázolások kerültek. Közvetlenül a bejárat fölött, ahol először egy hevederív emelkedik, a Giotto-műhely freskói láthatóak: szentek egészalakos figurái sorakoznak párosával, festett, gótikus építészeti keretbe foglalva. Az első boltszakasz négy mezőjébe a nyugati egyházatyák kerültek (Szent Jeromos, Ágoston, Ambrus és Gergely). Ezeket szintén Giotto műhelye festette, 1300 előtt. A harmadik boltszakaszon egy római mester dolgozott, Jacopo Torriti, aki Krisztus, Mária, Evangélista Szent János és Szent Ferenc alakjait készítette, valószínűleg az 1280-as években. Nagyjából ebben az időben készült a négyezet díszítése is: a firenzei Giovanni Cimabue itt a négy evangélistát festette meg, amint írópultnál ülve, éppen művükön dolgoznak. E jelenetek érdekessége, hogy mindegyik szent alakja mellé egy-egy ország látképe is társult. A szenteket és az országokat felirat nevezi meg, de az országokat valójában fallal körülvett városok, pontosabban épületek szimbolizálják. Szent Márk alakja mellé például ?Ytalia? került, ahol az egymásra halmozott épületek között jól fel lehet ismerni a pogány-antik és a keresztény Róma emlékeit: középen emelkedik a Pantheon kupolája, mellette Hadrianus mauzóleuma (az Angyalvár) és a pápák ekkori székhelye, a lateráni Szent János-bazilika.
Cimabue azonban ennél sokkal több freskót készített Assisiben. Az 1280-as évek elejétől ugyanis ő volt a vezető mester, akinek nem csak a négyezet boltozatát, hanem a szentély és a keresztház legtöbb freskóját, a Passió, az Apostolok cselekedeteiés és a Mária élete ciklust, valamint az üvegablakokat lehet tulajdonítani.
Cimabue freskói nem maradtak meg jó állapotban. A keresztház falainak alsó szintjére, valamint a trifórium fölötti szakaszokba készített freskók, azok ólomtartalma miatt erősen oxidálódtak, és ma már olyan hatást keltenek, mintha egy fényképfelvétel negatívját látnánk. A falképek ennek ellenére sokat elárulnak a Giotto előtti nemzedék egyik legfontosabb mesteréről: jelenetei mozgalmasak, a Passió epizódjai pedig, különösen a kétszer is megfestett Keresztrefeszítés ábrázolásai különös drámaiságukkal keltik fel a néző figyelmét. A bal oldali keresztház falán látható jeleneten, a kereszt lábánál Szent Ferenc térdelve imádkozik, Mária megtörten emeli a keresztfán függő Megváltó felé karjait, a fellegekben szálló angyalok pedig fájdalmasan gesztikulálnak.