A Szent Ferenc-ciklus
Giotto szerzőségének kérdése még hangsúlyosabban jelentkezik a hosszház legismertebb ciklusának, a Szent Ferenc életét huszonnyolc jelenetben elbeszélő képsorozatának képein. Mára bizonyosnak tűnik, hogy egy nagy létszámú műhely készítette a képeket, igen rövid idő alatt, valamikor a század utolsó éveiben. A jelenetek, amelyek alatt feliratok voltak olvashatóak, a rend által kanonizált hagiográfia, Szent Bonaventura Legendája alapján beszélik el Ferenc életét, és halála utáni csodatételeit. A hosszház minden szakaszába három, míg a bejárati falon a kapu két oldalára egy-egy, illetve a keleti (bejárati) oldalon, a hevederív alatti rövidebb falszakaszra egyegy jelenet jutott. A műhely valószínűleg sorban haladt, a négyezet előtti boltszakasz jobb oldalának második jelenetétől a bejárat felé, majd onnan a bal oldali falon, és végül az elejéről kimaradt, a történetben elsőnek számító jelenet megfestésével fejezte be a munkát. A történet epizódjainak kiválasztása minden bizonnyal a rend érdekeit is szolgálta, mert feltűnően sok epizódon jelennek meg a pápák: III. Ince álma, A regula megerősítése, Ferenc prédikációja III. Honorius előtt, és Ferenc halála után megjelenik IX. Gergely előtt.
Szembetűnő a jelenetek kompozícionális gazdagsága. A szent életét bemutató epizódok ugyanakkor sok esetben a 13. században kialakult mintákra vezethetőek vissza: a firenzei és umbriai festészetben a század második felében alakult ki az az oltárkép-, retabulum-típus, amelyen a szent egészalakos képmása körül, kisebb mezőkben, életének epizódjai kaptak helyet. Ennek a típusnak jellegzetes példája Bonaventura Berlinghieri oltárképe a firenzei ferences templom, a Santa Croce Bardi kápolnájának oltárképe. Az assisi ciklus képei ezeknek részben továbbfejlesztett változatai, de az itteni jelenetek természetábrázolása, a belső terek térábrázolásai és a figurák tömegszerűségének érzékeltetése azt sugallja, hogy a freskók nem egyszerűen felnagyított változatai a kis képeknek, hanem sok esetben valódi festészeti újításokról lehet beszélni. A ciklus egyes képein különös hangsúlyt kapnak a háttérben látható épületek. A hosszház jobb oldali falán, a négyezet felőli első jeleneten, ahol a ciklus indul, az az epizód jelenik meg, amikor egy egyszerű ember a földre teríti köpenyét az arra haladó ifjúnak, Ferencnek. A háttérben a korabeli Assisi főterének épületeit lehet felismerni, középen a római templomból átalakított, kecses oszlopok tartotta portikuszát. Az épület, amelynek ábrázolása a történet hitelességét hivatott kiemelni, uralja a kompozíciót. A jelenet hat figurája viszont szimmetrikusan, két hármas csoportra oszlik a képfelület két oldalán. Ebből a csoportból emelkedik ki Szent Ferenc lépő alakja, és vele szemközt a földön térdelő bolond, akiknek mozdulata egymásra reagál, tekintetük pedig összetalálkozik. A kompozíció a drámai sűrítés eszközéül szolgál. Ez a módszer Giotto festészetének lesz egyik legfőbb eleme, noha ezt a freskót stiláris alapon egyik firenzei kortársának, az úgynevezett Szent Cecília Mesternek tulajdonítja a kutatás. Akármekkora volt is Giotto szerepe a ferences ciklus megalkotásában, a mű mindenképp óriási hatást gyakorolt nem csak a későbbiekben Assisiben dolgozó mesterekre, hanem az egész trecento festészetre.