A legkorábbi freskók
A templom legkorábbi freskói az alsó bazilikában, a hosszház keleti szakaszának oldalfalain maradtak fenn. Ezek, az 1260 körül készült freskók, amelyek Krisztus Passióját és Szent Ferenc életének egyes epizódjait mutatják be, egy toszkán tanultságú, bizáncias stílusban dolgozó mester művei. Nem sokkal később már a felső templomban is dolgoztak művészek, a kereszthajó északi részén először egy északi, valószínűleg angliai mester festett apostolokat és angyalokat a trifóriumba, majd egy római műhely dolgozott ugyanitt, ótestamentumi szereplők, Dávid és Izaiás alakjait formálva meg. Mindez azonban csak előzménye annak a rendkívüli festészeti összképnek, amelyet a század utolsó két évtizedében alkottak meg az itt dolgozó műhelyek. Nem egyes festőkről kell ugyanis beszélni. A modern művészettörténeti kutatás megállapította ugyanis, hogy a nagyméretű ciklusokat, amelyeket általában igen rövid idő alatt festettek meg, egy-egy nagyobb műhely készítette el, amelyben több festő egyszerre dolgozott. E műhelyek azonban hierarchikusan tagolódtak: általában egy vezető mester választotta ki a rend előírásai alapján a ciklus jeleneteit és készítette el azok terveit, illetve megfestette a jelentősebb részleteket, mint a fontos figurák arcai, vagy a kezek. De mellette sok festő dolgozott, akik a vezető mester stílusához igazodva, a nagyobb felületeket, egyéb részleteket, vagy néha egész jeleneteket is elkészítettek. Ez az oka annak, hogy a művészettörténészek máig sokat vitatkoznak e freskók szerzőségén. A legnehezebb, máig megoldatlan probléma: Giotto szerepe Assisiban.