Mahler Ede, a magyar egyiptológia megalapítója, 1902-ben javasolta a különböző magyarországi gyűjteményekben lévő egyiptomi tárgyak egy helyen való bemutatását. 1934-ben a Szépművészeti Múzeum átvette az Iparművészeti –, a Nemzeti – és a Néprajzi Múzeum anyagát. Az egyiptomi kiállítás, az Antik Osztály részeként, Dobrovits Aladár és Wessetzky Vilmos munkájának köszönhetően 1939-ben nyílt meg. 1958-ban mint önálló Egyiptomi Osztály kivált az Antik Osztályból. A kiállítást 1972-ben Varga Edit rendezte az akkori, földszinti helyszínen, 1996-ban Nagy István a jelenlegi termekben.

Az Egyiptomi Osztályon lévő kb. 4000 műtárgy lévén Közép-Európa második legnagyobb egyiptomi gyűjteménye.