A következő évtizedben (az 50-es években) a költő visszatér a lágerélményhez, de az újabb versek már nem kötődnek közvetlenül átélt élményekhez, látványokhoz, az emlékezet által felidézett egyes jelenetekhez. A koncentrációs táborokról szerzett megrendítő tapasztalatok az újfajta költői szemléletben beleolvadnak az általános emberi történelembe, annak kitörölhetetlen részeivé válnak. „Auschwitz ma múzeum. Falai közt a múlt – és bizonyos értelemben valamennyiünk múltja – azzal a véghetetlen súllyal és igénytelenséggel van jelen már, ami a valóság mindenkori legbensőbb sajátja, s attól, hogy lezárult, csak még valódibb, még érvényesebb” – olvashatjuk Arc poetica helyettcímű eszmefuttatásában. – „...a világ abszurditásának fölismerésén túl – és épp a menekvés irányában – van egy még következetesebb, ha úgy tetszik, még abszurdabb lépés, s ez a világ képtelenségének a vállalása”, alázatos elfogadása. Pilinszky János az emberiség egész történelmi útját folyamatos szenvedéstörténetként, a bűnbeesés, az elvesztett Éden következményeként fogja fel, hiszen „Isten időről időre átvérzi a történelem szövetét”. A borzalmas közelmúlt (s a kommunista diktatúra jelene) a költő szemléletében a bibliai passió részévé minősül át: a lágerek foglyainak megalázó kínhalála valójában Krisztus keresztre feszítésének tömeges megismétlődése. A szimbolikus jellegű lágertéma így lesz a költő alapvető létélményének a formája, kerete.

A ritkán születő új versek a Harmadnapon(1959) című kötetben láttak napvilágot. Ezt a verseskönyvet a kritika és az irodalomtörténet a háború utáni magyar líra legnagyobb alkotásai közé sorolja. „A szöveg telítettségébencsak néhány költőnk versenyezhet a Harmadnapon Pilinszkyjével: az érett Berzsenyi, a kései Vörösmarty, a töredékes Arany, a végső József Attila” – jegyzi meg Németh G. Béla.