A regény négy részből áll. Gulliver első útján Lilliputba, a törpék országába vetődik el. Második útja Brobdingnagba, az óriások földjére vezet. A harmadik rész Laputába, annak fővárosába, Balnibarbiba, majd Glubbdubdribba, Luggnaggba és Japánba kalauzol el. A legfantasztikusabb utazás a negyedik, amelyben Gulliver az okos lovak országába, a Nyihahák földjére kerül.

A regény szerkezetét az egyes részekben található rövidebb fejezetek adják. A szerző az egyes fejezetek elé rövid összefoglalásokat illeszt, ezekből megtudhatjuk, milyen események, kalandok vagy furcsaságok várnak az utazóra. A regény így nem a meglepetés erejével kíván az olvasóra hatni, sokkal inkább a meghökkentő események tárgyszerű előadását tűzi ki célul.