A szexuális fejlődés biológiai eredetű zavarainak egy része örökletes tényezőkre, az ivari kromoszómák számbeli rendellenességeire vezethető vissza. A sejtek kromoszómakészletében a normális XX, illetve XY kromoszómák helyett kromoszómahiány (X0), illetve kromoszómatöbblet (XXY, XYY, XXX stb.) figyelhető meg. A rendellenesség következtében a külső és a belső nemi szervek alakja, működése is megváltozik. A serdülőkorban elmaradhat a másodlagos nemi jellegek kifejlődése, nem működnek megfelelően a nemi szervek (rendellenes ivarsejtképzés, menstruáció elmaradása, merevedés hiánya stb.).
Az embrionális fejlődés során is kialakulhatnak elváltozások a nemi szervek fejlődésében (csökevényes hímvessző vagy here, fitymaszűkület, kórosan nagy csikló, összenőtt hüvelynyílás, rendellenesen vastag szűzhártya stb.). Megfelelő időben végzett orvosi beavatkozással ezeknek az elváltozásoknak egy része korrigálható.
A kisgyermekkorban is jelentkezhetnek olyan rendellenességek, amelyek zavarokat okoznak a nemi fejlődésben. A hormonális szabályozás zavara például előre hozhatja a serdülést (a 3-6 évesek felnőtt alakot ölthetnek, menstruálhatnak, illetve merevedésüket magömlés kísérheti).
A nemi viselkedés mindennapi zavarairól akkor beszélünk, ha a nemi vágy irányulása és tárgya normális, a nemi késztetés erőssége és a kivitelezés viszont megzavart. A nemi vágy lehet alacsony vagy átlag felett erős, rosszul szabályozott, vagy a kielégülésben legátolt. Az okok rendszerint a személyiségen belül vagy a partnerkapcsolat feszültségeiben találhatók. A szexuális fejlődést érintő gyerekkori traumák, a serdülőkori önértékelési gondok idézhetnek elő olyan félelmeket, amelyekre később ráépülhetnek másodlagos aggodalmak, de zavarokhoz vezethetnek kapcsolati elégtelenségek, helyzeti, hangulati tényezők, veszélyérzet. A nemi készség, illetve reakciókészség átmeneti zavara mindenkivel előfordulhat, s kellő türelem esetén hamarosan rendeződik. A nemi élet kezdetével szinte mindig együtt jár ilyen természetű zavar. A lányoknak bizonyos időre van szükségük, hogy a rendszeres nemi élet során kibontakozzon teljes értékű szexuális reagáló képességük, és kielégüléshez jussanak. A fiúknál a túlzott izgalom vezet olykor meghiúsuláshoz, esetleg félelem, gátlások nehezítik a merevedést. A fogamzásgátlás megoldatlansága is sok probléma forrása lehet. Ha a türelem nem hoz eredményt, akkor érdemes a pároknak szakembert felkeresniük, még mielőtt a túlzott aggodalom elmélyíti a bajt, és hosszabb távú problémát okoz.
A személyiségbe beépült és ott rögzült zavarok a gyermekkortól kezdve hosszú időn keresztül fejlődnek ki, és meglehetősen nehezen vagy egyáltalán nem változtathatók meg, a környezetben idegenkedést, elítélést váltanak ki, ha fény derül rájuk. Egy részük társadalmilag veszélyes és a törvény bünteti.
Társadalmilag veszélyes - ha a nemi vágy gyermekekre irányul (pedofília), a csábítás ugyanis maradandó károsodást okozhat, valamint a szadizmus, amikor a nemi kielégülés a partnernek kegyetlen módon okozott fájdalomhoz, szenvedéshez kötődik. Kizárólag férfiakra jellemző zavara a nemi viselkedésnek az exhibicionizmus, a nemi szervek mutogatása. A nemi zavarban szenvedő ember célja ez esetben, hogy minél nagyobb meghökkenést, ijedtséget váltson ki, ezért cselekedete gyakran irányul kislányokra. Az exhibicionista csak nagyon ritkán agresszív vagy erőszakos.
Társadalmilag nem veszélyes, de súlyos zavar a fetisizmus, amikor a kielégülés tárgyak kultuszához kötődik, valamint a szadizmus párjaként kezelt mazochizmus, amikor a személynek kielégülést az elszenvedett fájdalom vagy megaláztatás okoz. Ebbe a körbe tartozik a transzveszticizmus is, amikor a másik nem ruháinak viselete szerez örömet. A transzvesztiták tisztában vannak eredeti nemükkel, nincs szándékukban teljesen átalakítani magukat. Elsősorban külső megjelenésükben igyekeznek a másik nemhez tartozónak mutatkozni.