A Wesselényi összeesküvés
A töröknek kedvező vasvári béke (1664) Magyarországon óriási felháborodást keltett. Úgy tűnt, az ország egyesítésével kapcsolatos korábbi elgondolások (Bethlené, Esterházyé, Zrínyié) érvényüket vesztették, a császár nem akarja és nem tudja kiűzni a törököket. Ezért a század második felének politikusai elkeseredésükben, új - veszélyes és elhibázott - elképzelést fogalmaztak meg. Eszerint a törökkel szövetségben kell támadni Bécs ellen, és Magyarországot a Török Birodalmon belül, Erdélyhez hasonló jogállással egyesíteni. A szerveződő Habsburg-ellenes összeesküvők között ott találjuk a királyi Magyarország egész katolikus főnemesi "kormányát", összes főtisztviselőjét. Így köztük volt gróf Wesselényi Ferenc nádor, gróf Nádasdy Ferenc országbíró, Lippay György esztergomi érsek, gróf Zrínyi Péter (Miklós öccse) horvát bán, valamint veje, a katolikus hitre tért I. Rákóczi Ferenc (megválasztott, de trónra nem került erdélyi fejedelem). A felkelés ki is robbant, de mert a török nem támogatta, a vezetők Bécsbe menekültek bocsánatért (1671). Hiába: Zrínyit, Nádasdyt és tizennégy társukat kivégezték (Wesselényi és Lippay ekkor már meghalt). Rákóczi Ferenc, óriási váltságdíjért cserében, kegyelmet kapott. I. Lipót (1657-1705) értelmezése szerint a magyarok a felkeléssel eljátszották jogaikat, és megkezdte a csehországihoz hasonló abszolutizmus bevezetését. Az alkotmányt felfüggesztette, az ország élére Guberniumot (Kormányzóságot) állított, a várak magyar katonaságának nagy részét elbocsátotta és németekkel váltotta fel. A legsúlyosabb lépés az adó megemelése volt: hússzoros emelést rendelt el, bár ezt teljes mértékben nem tudta behajtani. A nemesség még most is sikeresen tagadta meg az adózást. Negyvenkét protestáns prédikátort gályarabnak adtak el.
Thököly felkelése
Az adók elől menekülő parasztokból, elbocsátott végvári katonákból, menekült protestáns nemesekből állt össze a Várad környékén gyülekező, bujdosó "kuruc" sereg. A rendezetlen, fosztogató csapatok a törökkel szövetségben számos kisebb támadást indítottak a "labancok" (császáriak, köztük magyarok is) ellen. (A labanc elnevezés parókájukra, "loboncukra" utalt.) Harcukhoz támogatást kaptak a lengyel és francia királytól is. 1678-ban Thököly Imre szervezett ütőképes hadat belőlük, és több sikeres hadjáratot vezetett a császáriak ellen Felső-Magyarországon. I. Lipót a kuruc mozgalom hatására elhatározta, hogy visszatér a bécsi béke (1606) szelleméhez. Országgyűlést hívott össze, amely beleegyezésével megszüntette a Guberniumot, eltörölte az új adókat, amnesztiát hirdetett meg és meghatározott helyeken engedélyezte a protestáns vallásgyakorlatot (1681). A kurucok azonban, meghívásuk ellenére nem vettek részt az országgyűlésen, helyette újabb hadjáratot indítottak. Ezt már a török kezdeményezte, és jelentős katonai erővel támogatta is. Az így meghódított területek élére a szultán Thökölyt állította mint Felső-Magyarország fejedelmét. Ezzel Magyarország területén egy új török vazallus állam jött létre (1682).
Magyarország felszabadítása a török uralom alól
A szövetségesek lendülete nem tört meg, felszabadult az egész Dunántúl, majd a következő évben Lotharingiai Károly Mohácstól nem messze, mezei ütközetben is nagy győzelmet aratott a török felett, végül benyomult Erdélybe, és ezzel az egész ország a császáriak kezébe került. Az eseményre sötét árnyat vet, hogy eközben a császári Caraffa tábornok Eperjesen 24 protestáns nemest és polgárt végeztetett ki, igen gazdagokat. Nyilván a kincstárat is akarta gazdagítani, mikor kínvallatással kicsikarta a "kurucpártiság" beismerését. Mindez Rudolf korát idézte, de egyelőre erről még nem volt szó. Igaz, az 1687-es országgyűlés kimondta kénytelen-kelletlen a Habsburg ház örökös királyságát (a hódítás jogán) és az Aranybulla ellenállási záradékának eltörlését. A király viszont biztosította a nemesi szabadságjogok sértetlenségét és a vallásszabadságot. A nemeseknek kívánt vigaszdíjat adni azzal a törvénnyel is, mely szerint mostantól a városok együttesen is csak egy szavazattal rendelkeznek az országgyűlésen. (A császár az eperjesi áldozatok családjának kárpótlást ígért, és hóhérral égettette el azt a röplapot, mely az abszolutizmus bevezetését szorgalmazta.) XIV. Lajos, kihasználva a helyzetet, 1688-ban a Rajnánál mégis megtámadta a birodalmat. Károly herceg és sok katona vonult át a nyugati frontra, a török visszavette az elfoglalt balkáni területeket, valamint Erdély és Magyarország jelentős részét is. A változó szerencsével folytatott háborút végül a fiatal Savoyai Jenő zentai győzelme döntötte el (1697), mely a 25 ezer török áldozattal a század legvéresebb ütközete volt. (Nem maradt el sokkal e mögött a háború jó pár más csatája sem.) A tizenhat évre nyúlt hatalmas háborút lezáró karlócai béke (1699) kimondta Magyarország és Erdély felszabadulását, Nándorfehérvár és a Temesköz viszont török kézen maradt. A török vereségében megmutatkozott, hogy a hadseregszervezés, ostromtechnika, tüzérség nyugat-európai megújítása végre fölényt teremtett a stagnáló (nem fejlődő) török birodalom felett. Látható lett, hogy az osztrák császár birodalma kiheverte a harmincéves háborút, sőt, egyre jelentősebb nagyhatalommá vált. A nagyhatalmak megosztottsága azonban még hosszú időre lehetetlenné tette az egész Balkán felszabadítását. A háborúhoz kapcsolódó szerb és görög felkeléseket a törökök leverték. A román fejedelemségek (Moldva, Havasalföld) a török vazallus államai maradtak, de nem voltak teljesen elszigetelve az európai gazdasági és kulturális hatásoktól (könyvnyomtatás, anyanyelvű irodalom). A Balkán teljesen alávetett részein viszont további egy-két évszázadig "áll az idő"; saját kulturális életről is alig lehet beszélni. Más volt a helyzet Magyarországon. Itt a háborúval megszűnt az áldatlan helyzet, melyen hiába próbált önerőből változtatni katolikus és protestáns magyar: az ország végre nem hadszíntere két nagyhatalom háborújának. Új korszak kezdődhetett, megnyílt a békés építés lehetősége. Ugyanakkor a háború közvetlen következményei súlyosabbak voltak, mint az eddigi török háborúké együttvéve. Ekkora erők még soha nem küzdöttek itt ilyen sokáig. Magyarországnak el kellett látnia élelemmel, takarmánnyal az itt mozgó több százezernyi katonát, és el kellett szenvednie azt, hogy falvait módszeresen pusztítják, égetik (török, császári, kuruc egyaránt), hogy ily módon akadályozzák az ellenség ellátását. Éhínségek és járványok jártak mindezzel. A háború idején becslések szerint 300 ezerrel (4,2 millióról 3,9 millióra) csökkent az ország népessége.