A római egyház kezdetben bénultan viselte a csapásokat, de még hatalmas belső tartalékokkal rendelkezett. Nagy vagyona volt, és a déli országok népei továbbra is magukénak érezték a katolicizmust. Itt sorra jelentkeztek olyan papok, akik a maguk környezetében elvégezték az egyház megtisztítását, és ezzel kifogták a szelet a reformáció vitorlájából. A katolicizmus önvédelmét segítette a Loyolai Ignác spanyol nemes által alapított Jézus Társasága, más néven jezsuita rend (1540). A katonás rend tagjai a pápaság védelmében a reformátorok vívmányait is ügyesen felhasználták. Például anyanyelvi prédikációkat tartottak, a korszak legkorszerűbb és legszervezettebb iskolahálózatát építették ki. Elsősorban a jezsuita rend terjesztette a barokk egyházi művészetet és a látványos egyházi megmozdulások szokását is (pl. körmenetek). A pápa pozícióinak megerősítésében fontos szerepet játszott az 1545-től 1563-ig tartó trentói (más néven tridenti) zsinat is. Ez egyfelől megszigorította a katolikus egyházat, kötelezte a főpapokat, hogy egyházmegyéjükben tartózkodjanak, és ellenőrizzék a papság erkölcseit, munkáját. Másfelől a sarkalatos kérdésekben elhatárolta magát a protestáns tanításoktól: megmaradt a pápa egyházfősége, a papi rend elkülönülése és az alapvető dogmák érvénye. Ezzel a keresztény egyház szakadása visszavonhatatlanná vált. Mindehhez járult az inkvizíció (egyházi vizsgálóbíróság) tevékenységének felújítása és hatalmának kiterjesztése Itáliára (1542). Az inkvizíció valójában az igazi reformátorokhoz nem fért hozzá, mert őket védték a világi hatalmasságok. Így helyettük olyan tudósokra sújtott le, akik katolikusok voltak ugyan, de új gondolatokat vetettek fel (pl. Giordano Bruno, Galileo Galilei). Összeállították a tiltott könyvek listáját (Index) is, megjelent a történelemben a cenzúra. (A katolikus egyház ellentámadását ellenreformációnak szokták nevezni.) A protestáns egyházak is hamar a konzervatív erők befolyása alá kerültek. Így a következő századokban újabb és újabb protestáns felekezetek, egyházak, szekták, irányzatok váltak le a régiekről. A 16. századi unitáriusokról és szombatosokról a következő fejezetben lesz szó. Később különült el többek között az anabaptisták egyes nézeteit felelevenítő baptisták (Anglia XVII. század), a térítő tevékenységet is végző metodisták (XVIII. század, Anglia), vagy a kereszténységet a többistenhittel ötvöző mormonok (XIX. század Egyesült Államok) csoportja. A pietizmus viszont (XVII. század, német terület) a nagy protestáns egyházakon belül maradva kívánt újféle, bensőségesebb vallásgyakorlatot bevezetni. (Ezzel egy időben szintén a dogmákkal szemben a személyes hitre helyezte a hangsúlyt a katolikus janzenizmus.)

Voltak a vitáknak kevésbé üdvös eredményei is. A vallási nézetkülönbségek a 16-17. században újabb és újabb háborúkba torkollottak, illetve a legkülönbözőbb, amúgy is meglévő társadalmi-külpolitikai ellentétek elmérgesedéséhez vezettek. (A német paraszt- és vallásháború után jött a francia hugenották és katolikusok harca, majd a németalföldi szabadságharc, a harmincéves háború, az angol forradalom.) A protestáns országokban a katolikusokat vagy a radikálisabb protestáns irányzatok híveit, a katolikusokban a protestánsokat üldözték kegyetlenül. Ám, mivel mindkét oldalon nagy erők álltak, a különböző vallásúaknak hosszas szenvedések árán meg kellett tanulniuk kompromisszumot kötni és egymás mellett békésen élni. Európa északi, protestáns és déli, katolikus világa számos vonásában elkülönült, miközben kölcsönösen hatott is egymásra. Az hogy egy ország, család a protestáns vagy a katolikus "világhoz" tartozik, az a mai napig sokban meghatározza annak értékeit, látásmódját a gyerekneveléssel, a munkával, a politikával, az időbeosztással, a helyes viselkedéssel kapcsolatban. Bár a fegyveres konfliktusokba torkolló protestáns-katolikus ellentét a mai napig nem szűnt meg teljesen (példa rá Észak-Írország), a 20. században felerősödtek a különvált irányzatokat összefogni próbáló, ún. ökumenikus törekvések (pl. ökumenikus istentiszteletek).