A San Francesco bazilika
Assisi Szent Ferenc kicsiny kápolnája, amely a város alatti síkságon állt, már nem elégítette ki egy Itália és Európa-szerte bővülő szerzetesi mozgalom igényeit. Az új, ferences rend központjának méltó templomra volt szüksége, amely nem csak a szerzetesek, hanem a zarándokok igényeit is kiszolgálta. Ebből a célból nem sokkal Ferenc halála után, elkezdték építeni azt a nagyszabású, kétszintes templomot és a hozzá csatlakozó kolostort, amely ma is uralkodik a város látképén. Az alapkő letételére IX. Gergely, a Ferencet szentté avató pápa jelenlétében, 1228-ban került sor, és két évvel később az alsó templom kriptájába át is vitték a szent földi maradványit. Alig több mint húsz évvel később el is készült a templom, amelyet IV. Ince pápa szentelt fel. Építészeti kialakítása, noha bizonyos tekintetben francia gótikus mintákat követett, sok szempontból egyedinek tekinthető. Az alsó templom, amely a szent teste körül kialakult kultusz, a zarándoklatok számára volt kialakítva, alacsonyabb és sötétebb, mint a fölötte emelkedő, alaprajzában azonos, de összhatásában világos, fényben úszó és freskókkal díszített felső, szerzetesi templom. A kettős épület mindkét szintje egyhajós teremtemplom, amelynek négyszakaszos hosszházát bordás keresztboltozat fedi. Nyugati szentélye az alsó szinten félköríves, a felsőben pedig poligonális, azaz sokszögű lezárást kapott, előtte pedig tágas keresztház húzódik. Az alsó templomban a hosszház keleti oldalához széles előcsarnok, narthex csatlakozik, oldalaihoz pedig, a támpillérek közeiben, mellékkápolnák sora illeszkedik. A franciaországi gótika hatásaként a felső templom főhomlokzatának háromszögű oromzatát mérműves rózsaablak, a hosszház oldalfalait lándzsaablak töri át, a keresztboltozat pedig meredeken ível fölfelé. Külső összhatása mégis egyszerű, zárt és összefogott, amit a statikai okokból különlegesen masszív, félkör alaprajzú támpillérek hangsúlyoznak. Umbriában ugyanis gyakoriak a földrengések, és ennek szomorú emléke az az 1999-es rengés, amelyben nem csak restaurátorok és szerzetesek vesztették életüket, de amikor a felső templom is súlyosan megsérült: két boltszakasz részben beomlott. A négyezet és a bejárat fölötti, keleti szakasz egy-egy boltsüvegének leomlása Cimabue és a Giotto-műhely egy-egy jelentős freskójának megsemmisülését hozta magával. A templom ennek ellenére, fennállásának több mint hétszáz éve alatt viszonylag épségben őrizte meg díszítési rendszerét, azokat a freskóciklusokat, amelyek az 1300 körül újjáéledő festészet legkiemelkedőbb emlékei. A kétszintes templomban szinte minden szabad falfelületet freskók borítanak, és e díszítések, a narratív freskóciklusok, nem csak stiláris, hanem ikonográfiai szempontból is figyelemre méltóak. Szent Ferenc kultuszában ugyanis kiemelt szerepet kapott az a párhuzam, amelyet 13. századi legendái is előszeretettel emeltek ki, és amely szerint tipológikus párhuzam mutatható ki Ferenc és Krisztus között. A szent legendájának egyik legfontosabb momentuma, az Alverna hegyén elnyert, és szerzetes társai számára csak halálakor megismert, krisztusi stigmái voltak. A templom jelentős részét ezért nem csak a szent életét, hanem Krisztus történetét, gyermekségének és passiójának jeleneteit bemutató ciklusok is helyet kaptak, a teljes rendszer pedig az ótestamentum epizódjait is magába foglalja. Ez a szokatlanul nagyszabású képsorozat kétszer is végigfut a templomban, az alsó és a felső bazilika falát ugyanis nem egyszerre díszítették. A legkorábbi freskók nem sokkal a templom felszentelése után készültek, nagy részük azonban három évtized alatt, az 1280-as évek elejétől kezdve, több, egymást váltó, részben római, részben pedig toszkán (firenzei és sienai) műhely tevékenysége nyomán készült el. Assisi freskóinak jelentőségét részben éppen ez a stíluskeveredés adja, és így válik a templom nem csak földrajzi, hanem stiláris szempontból is a római klasszicizáló, és a bizánci gyökerekhez hívebb toszkán festészeti hagyomány olvasztótégelyévé. Giotto festészetének ez a kettős hagyomány lesz a kiindulópontja.