Pécs
A kiegyezés után neo-stílusban helyreállított két legjelentősebb, középkori eredetű templom, a pécsi székesegyház és a budai Mátyás-templom historizáló kifestésében Lotz Károly és Székely Bertalan is közreműködött. A pécsi székesegyház átépítését Friedrich Schmidt, a bécsi építészeti akadémia tanára vezette, akinek több magyar historizáló építész is tanítványa volt, többek között Schulek Frigyes, aki a Mátyás- templom helyreállítását irányította. Pécsett a főhajóban, a kezdetben Schmidt által kiválasztott német művészek dolgoztak, s csupán a Képzőművészeti Társulat részéről megindított tiltakozás után jutottak a magyar művészek a megbízáshoz. Lotz a Corpus Christi-kápolnát, Székely a Szt. Mór- és Szt. Mária (Patrona Hungariae)-kápolnát festette ki a nyolcvanas évek legvégén. A művészek figurális képei számára a fülkeszerű falmezők adottak voltak, ezeket, valamint a kápolnák ornamentális díszítését az egész templomban egységesen az építész tervezte, és egy falképfestő vitelezte ki. Székely a Mária-kápolnában a következő témákat dolgozta fel: Szűz Mária megkoronáztatása; Szt. István felajánlja a koronát Szűz Máriának; Szt. Imre fogadalma; Szt. László Vaskánál átkel a Dráván, hogy Horvátországot meghódítsa; Szt. Margit zárdába vezetése a Nyulak szigetén; Kapisztrán János miséje a Nándorfehérvári ütközet előtt. A kápolnában tehát elsősorban vallásos tartalommal bíró, magyar történelmi vonatkozású események ábrázolásai kaptak helyet, amelyeket Székely az adott kereteket látszatarchitektúraként felfogva, a festett oszlopok mögött megnyíló térbe komponálta bele.
Mátyás templom
A Pécsett alkalmazott kompozíciós megoldás Székelynek a Mátyás-templom egyes kápolnáiba tervezett freskóin is megjelent. Schulek Frigyes, a helyreállítások irányítója a Mintarajztanodában az ékítményes- (ornamentika) és az építészeti rajz tanára volt.
A nyolcvanas évektől kezdve a templombelső dekorációs tervein együtt dolgozott tanártársaival, Lotz-cal és Székellyel. Az egyes figurális képek mellett a hatalmas felületeket beborító ornamentális díszítés munkája is legnagyobbrészt Székelyre maradt, aki elmélyült kutatások alapján tervezte meg a középkor hangulatát idéző mustrákat. 1885-ös előadásában Keleti is felhívta a figyelmet az ornamentális falfestészet nagy jelentőségére, mely főleg a színek ügyes kombinácziójában bírja kulcsát a lelkünkre gyakorlandó összhatás titkának. (i. m. 367-8.) Lotz Károly a Szent László-kápolnában I. László király életéből vett epizódokat dolgozott fel, így az egyik csúcsíves falmezőben a Cserhalmi ütközet látható. A középkori lovag, Szent György hősies tettével párhuzamba állítható jeleneten a középkori falképeken is gyakran ábrázolt magyar szent király csodákkal teli legendás életének fiatalkori cselekedete látható: egy kun vitéz által elrabolt leánynak a megmentése. A témát a 19. században költők és festők is gyakran feldolgozták, egyik első ábrázolása a magyar történelmi festészet kezdetei szempontjából úttörő jelentőségű Aurórában jelent meg.