Az uráli nyelvek kutatására vonatkozó első megfigyelések kb. 1000 évesek, de ezek nem nyelvészektől, hanem különböző világutazóktól származnak, s elsősorban a szókészlet elemeinek feltűnő hasonlóságán alapulnak.
A nyelvek tudományos igényű összehasonlítása a 18. században kezdődött. Magyarországon Sajnovics János (Sajnovics János: a lappoknál tett utazásáról többek között Csupor Tibor Csillag és ősi szó című ifjúsági regényében olvashattok) és Gyarmathi Sámuel könyvei jelentették a módszeres nyelvhasonlítás kezdeteit. A kutatómunka a 19. század második felében élénkült meg. Felismerték, hogy új eredményeket csak a finnugor nyelvek szókészletének és nyelvtani szerkezetének alapos megismerése után lehet elérni. Az első nyelvészgeneráció(k) (Reguly Antal, Hunfalvy Pál, Budenz József) fő érdeme az anyaggyűjtés volt.

A századfordulón jelentkező második generáció (Munkácsi Bernát, Szinnyei József, Simonyi Zsigmond) az anyaggyűjtés folytatásán kívül elsősorban szótárak, népköltési gyűjtemények kiadása révén vált híressé, de nyelvhasonlítást és teljes grammatikai egybevetést is megjelentettek. A hazai finnugor nyelvtudomány legismertebb alakja az 1930-40-es években Zsirai Miklós volt.

A nyelvtudomány általános fejlődésének megfelelően fokozatosan átalakultak a finnugor összehasonlító nyelvészet módszerei is. Az aprólékos munka tisztázta a rokon nyelvek leszármazását, rekonstruálta (kikövetkeztetésekkel helyreállította) az alapnyelv hangrendszerét, szókészletét és nyelvtani rendszerét. A finnugor nyelvrokonság iránt nemcsak Magyarországon nagy az érdeklődés. Kutatások folynak Finnországban, Észtországban és a világ számos más országának egyetemén (Hamburg, Uppsala, Párizs, Bloomington, Szentpétervár stb.) is.