A tatárok elvonulás után IV. Béla 1248-ban adott engedélyt Lambert püspöknek a vár felépítésére, 1261 körül már elkészült, de IV. László király kedvelt kunjai 1271-ben feldúlták.
A királyi várból valószínüleg 1275-ben lett püspöki vár, amely mindaddig romokban hevert, amíg Telegdhy Csanád püspök annak helyreállítását meg nem.Nagy Lajos király halála után a vár Ludányi Tamás egri püspök kezére került. Ludányi a pártosok pártjára állt, s amikor Zsigmondot királlyá koronázták, Lengyelországba menekült, a várat Debrői Istvánra bízta, aki azt Rozgonyi Simon püspöknek átadta. Albert osztrák herceg 1490-ben a várost felégette, de a várat elfoglalni nem tudta. A leégett székesegyházat az olasz származású Ipolito d'Este állíttatta helyre és a vár őrségét is megfelelő fegyverzettel látta el. Az őrség azonban 1514-ben Dózsa György vezérének Barabásnak serege előtt a vár kapuit önként megnyitotta.
A mohácsi csatavesztés után Eger hol Szapolyai János, hol pedig Ferdinánd kezére került. János király vezére, Bodó Ferenc 1527-ben foglalta el, és a vár őrségének nagy részét kegyetlenül lemészárolta, mire Ferdinánd nagy sereget küldött a vár felmentésére. Bodó nem bízva a romos várban, Keresztesnél támadást kezdett, de csatát vesztve maga is fogságba került, a kevés számú őrség meghódolt és a várat Salm Miklós grófnak átadta.János király 1529-ben Egert újra elfoglalta. Ferdinánd király 1542-ben a várat Varkoch még a király felszólítására sem adta át. Végül is Perényi, Eger vár átadásának feltétele mellett 1548-ban kiszabadult, de útban hazafelé meghalt. A visszaadott várba Dobó Istvánt és Zay Ferencet nevezték ki várkapitánynak, akik folytatták a korszerűsítését.A megerősített vár elfoglalására 1552. szeptember 11-én érkezett meg a török hatalmas sereggel, de 39 napos eredménytelen ostrom után nagy veszteség mellett kénytelen volt elvonulni. Mivel a vár helyreállítására Dobó anyagi segítséget nem kapott, a királytól felmentését kérte, aki ezt elfogadta és a betegsége miatt lemondott Báthori Endre helyére, Erdély vajdájává nevezte ki
Dobót, az egri várkapitányságban 1553-ban Bornemissza Gergely követte, aki azonnal megkezdte a vár helyreállítását. A helyreállított és jól felszerelt, de vegyes nemzetiségű őrséggel védett Eger várát 1596-ban a török sereg III. Mohamed vezetésével 3 hetes ostrom után elfoglalta. Az ostrom során megsérült falakat a török azonnal helyreállíttatta és a főbejárat védelmére egy kisebb kapuvédőművet építtetett, amelyet ma Török kertnek neveznek.
A vár felszabadítására csak 1687. december 18-án került sor, mikor az ez év tavaszától tartó körülzárás után élelem hiányában Rusztem pasa Doria János őrgrófnak átadta. I. Lipót király és a bécsi Haditanács döntése alapján 1702-ben Dumont hadmérnök az egész külső várat felrobbantotta.
II. Rákóczi Ferenc szabadságharca idején 408 napig tartó ostromgyűrű után 1704-ben a vár őrsége a kurucoknak megadta magát. A szabadságharc bukása után, 1710 október 24-én Cuseni tábornok vezetésével a császáriak szállták meg.
A vár hadijelentősége ezután megszűnt. A XVIII. században kaszárnyának használták, majd 1783-ban gróf Esterházy Károly érsek 10778 forintért megvásárolta és köveinek egy részét saját építkezéseihez használta fel. A vár teljes pusztulását az 1827-ben egri érsekké lett Pyrker János László akadályozta meg, aki a még megmaradt részek fenntartásáról és konzerválásáról gondoskodott. 1871-ben Bertakovics Béla érsek a várat a kincstár részére adta át laktanya céljaira, s 1945-ig a katonaságé volt.