Hasonlóan összetett a regény szerkezete is. A mű két könyvre, 18+14 fejezetre és epilógusra tagolódik, s mindvégig feltűnően cselekményes, ugyanakkor filozofikus. (A szerkezeti egységek száma megegyezik Jézus életéveinek számával.) Az ókori regény alkotja a 2., a 16., a 25. és a 26. fejezetet, de ezek formálisan nem egyetlen személy előadásában jelennek meg. Az első részt Woland meséli el egy moszkvai padon, a másodikat – miután megismerkedett a Mester sorsával – Iván álmodja meg az idegklinikán, az utolsó kettőt pedig Margarita olvassa újra, mikor már visszakerültek kis házukba. Woland természetesen ismerte a művet, hiszen ő őrizte az elégetett kéziratot, mint ezt később megtudjuk, Iván pedig a Mester tanítványává vált a beszélgetések során. Margarita megismerkedésüktől fogva az: tanítvány és társ egy személyben.

Az ókori regény cselekménye egyetlen nap alatt játszódik le: péntek reggeltől a következő napra virradó hajnalig, s ez a péntek természetesen a húsvét előtti nagyhét nagypéntekje.

A moszkvai cselekmény is néhány napra összpontosul, s ugyancsak a nagyhéten: szerdától vasárnap hajnalig. Szerdán (1–6. fejezet) jelenik meg Woland, hal meg Berlioz, kerül kórházba Iván. Csütörtökön a színházban, az igazgató lakásán, a kórházban zajlanak a legfőbb események, ezen az estén van a színházi előadás (7–18. fejezet), ekkor ismerkedhetünk meg a Mesterrel is (13. fejezet). A második könyv péntekkel és a másik címszereplő, Margarita szerepeltetésével kezdődik, középpontjában a tavaszi telihold mágikus bálja áll. Igazi csúcspontja a Mester kiszabadítása (19–24. fejezet). A szombati nap az utolsó kalandoké, a címszereplők sorsának beteljesülésével, a búcsúval (27–32. fejezet). Az Epilógus a Moszkvában maradt szereplők későbbi sorsát foglalja össze. Előbb a „bravúros” nyomozás történetét, majd a néhány évvel későbbi állapotokat: a főszereplők részben ugyanott folytatták, ahol abbahagyták, tehát esendő és bűnös emberek maradtak, méltóak visszatekintve is a szatirikus ábrázolásra, részben azonban meg is változtak, mint Iván, aki történész lett, azt a foglalkozást űzi tehát, amelyet a Mester abbahagyott a regényírás kedvéért.

Visszatekintő, nem életképszerűen a moszkvai állapotokat jellemző, hanem életsorsot bemutató történetmondás csupán egy van: amikor a Mester elbeszéli a kórházba került Ivánnak a maga életét, de ez is csak két évre tekint vissza: akkor kezdte a regényt írni. Arra pedig Margarita emlékezik, hogy éppen egy éve ismerkedett meg a Mesterrel (ez a nap nagypéntek!).

A rendezett, klasszicizáló felépítésű ókori regénnyel szemben a moszkvai fejezetsor a kaotikusság, a rendezetlenség, a labirintusjelleg benyomását kelti. Az ókori fejezeteknek színterei vannak, s ezek is közismertek a kulturális örökségből, a moszkvaiaknak a színterek mellett szintjei és különböző cselekményszálai is. A létező társadalmi rend labirintusában a Mester nem tud eligazodni, így miután kiszabadul a letartóztatása utáni fogságból (ahová ő is egy feljelentés után kerül), szinte menekül az idegklinikára. A moszkvai világ látszólag rendezett és szervezett mind a hatalmi beosztásokban lévők, mind a tömeg számára, ugyanakkor kiismerhetetlen erők működnek. Már a regény nyitófejezetében megfogalmazza filozófiai kérdésként Woland: „ha Isten nincs, vajon ki irányítja az ember életét, és általában a földi eseményeket?” Az ateistákkal vitatkozik, s hamarosan Berlioz halálával tanúsítja kérdését: „hogyan irányíthatja az ember a földi dolgokat, ha még nevetségesen rövid időre, nos, mondjuk, egy ezredévre sem készíthet tervet... de ez még semmi; hiszen a saját holnapjáért sem kezeskedhet!” E kérdést a regény jelen idejében Berlioz sorsa mélyíti el, de a regény elbeszélője számára jól tudott, hogy a kiszámíthatatlanság, az irracionalizmus a moszkvai élet jellemzője. Berlioz lakásában, amely aztán Wolandnak és kíséretének főhadiszállása lesz, két esztendeje „megmagyarázhatatlan események láncolata indult meg: ebből a lakásból rendre nyomtalanul eltűntek a lakók”. Semmi kétség, hogy ennek oka rendőri-állambiztonsági intézkedések sorozata. Lihogyejev, a Varietészínház igazgatója azért sápad el, amikor reggel meglátja Berlioz lepecsételt lakrészét, mert még nem tudja, hogy ennek oka nem letartóztatás, hanem haláleset.

A moszkvai regény főbb rétegei: a moszkvai élet általában, a szovjet emberek mindennapjai, mentalitása. A színházi-művészeti világ, ennek vezetői, hozzá nem értő hatalmaskodói. Az idegklinika mint a valóságot elviselni nem képes emberek menedéke, a humanizmus utolsó itteni őrhelye. A Mester és Margarita története. S végül Woland kapcsolata mindezekkel a rétegekkel.

A műegésznek végül is két előtörténete van: az egyik az ókori regény, amelyben valóságosság és szimbolikusság folytonosan egymásra utal, a másik Mester és Margarita „előtörténete”, a jelenig vezető két évben, s ebben a valóságos történet fokozatosan változik át szimbolikussá. E két előtörténetet a regény egymásra vonatkoztatja, ugyanakkor szatirikus-diabolikus cselekménysorával meg is magyarázza, hogy miért kell szinte szükségszerűnek tekintenünk az emberi történelem ilyenfajta alakulását.