Korai művei: Életművének jelentős részét teszik ki korai kiadatlan művei, melyek a romantika hatásáról tanúskodnak. Írt történeti drámákat, novellákat, legendákat, fantasztikus vagy filozófiai igényű misztériumokat. Érzelmes, lírai vallomásszerű kisregényeket a kor divatos stílusában és műfajaiban, elsősorban Byron, Goethe, Hoffmann, Hugo, id. Dumas, Sand és Balzac modorában, illetve utánzásaként. Műveit – bár nem égette el – idősebb és érettebb korában is kiadásra méltatlannak tartotta. (A sors iróniája, hogy egyetlen örököse, unokahúga, jó üzleti vállalkozás reményében Flaubert halála után megjelentette az írásokat.) Talán e korai művek hiánya, majd megkerülése eredményezte, hogy a már teljes fegyverzetben előlépő Flaubert-t a francia próza legtisztább és leghibátlanabb alkotójának tekintik.

A Bovaryné sikere: Első megjelent regénye, a Bovaryné (1857) sikere egy csapásra híressé tette. A realista regényírók vezérüket látták benne; Maupassant (e. mopaszan), Zola és Turgenyev mesterüknek tekintették. Művészete a realista regényírás betetőzése és a naturalista szemléletmód kiindulópontja, ezért Flaubert-t a naturalizmus atyjának tekinti a francia irodalomtörténet.

Szalambó:Az 1862-ban írt Szalambó színhelye az ókori Karthágó. Az ízig-vérig romantikus regény egy zsoldoslázadás kegyetlen leverésének históriájába ágyazott szerelmi viszony története. A győztes vezér, Hamilkár szerelme a legyőzött zsoldoskapitány, Matho iránt. A korábban divatos keleti téma mellett Flaubert felvonultatja a romantikus képzeletvilág megannyi konvencióját. Egzotikus táj, buja színek, nagyívű leírások, vad szenvedélyek, kegyetlenség, jóság, erotikus részek alkotják a „nagyromantikus” regény kellékeit.

Érzelmek iskolája:Regényeinek sorát az 1869-ben elkészült Érzelmekiskolája folytatja. A téma – hasonlóan a Bovarynéhoz – a romantikus nemzedék illúzióvesztése. Az írói módszer sem újul meg jelentősen, hiszen a szerző szenvedélytelensége itt is nyomon követhető. Amiben mégis eltér korábbi művétől: nem csupán egy vidéki kisváros mindennapi életének tárgyszerű leírását kapjuk, hanem az író széles tablót készít korának világáról. Amíg a Bovarynéban beérte azzal, hogy a leszűkített környezetrajz szimbolikus elemeivel mutatott túl az ábrázolt valóság egészére, addig az Érzelmek iskolájaextenzív totalitású regény.

A történetírói tárgyilagosságot bizonyítja, hogy a keretül választott időszak, az 1848-as francia forradalom leverésének ideje a történelmi leírásokban is hasonló értékeléssel szerepel. Az Érzelmek iskolájaa teljes kiábrándultság regénye: a szerző szerint csak azok az eszmények képesek megtartani tisztaságukat, amelyeket nem akarnak megvalósítani. A megvalósítás torzsága ugyanis bemocskolja magát az eszményt is.

Fréderic Moreau (e. frederik moró) és Arnoux-né (e. arnu) szerelme beteljesületlen, ezért tiszta és éterikus. Ugyanakkor a realista írói attitűd arra kötelezi Flaubert-t, hogy a reménytelen és romantikus szerelem értékét is megkérdőjelezze és groteszk módon ábrázolja. A légüres térben mozgó hős tipikusnak mondható a korban, a felesleges ember típusát mintázza.

Szent Antal megkísértése:1874-ben megjelent regénye, a Szent Antal megkísértése aSzalambóhoz hasonlóan Keleten játszódik, az ókorban. A IV. században élt Remete Szent Antal képzeletgazdag vízióinak leírásával Flaubert egyrészt romantikus fantáziájának burjánzását, másrészt a kísértéseket, szent látomásokat, valamint az esendő embert csábító test és a lélek megkísértéseit érzékelteti. Az illúziók és a hit zsákutcájának leírása is leleplező szándékú, a regény felszíne alatt húzódó igazi szándék minden bizonnyal a kisszerű emberi gondolkodás kritikája.

Bouvard és PéchusetA regény ellenpontjaként értelmezhető utolsó, befejezetlen regénye, a Bouvard és Pécuchet (e. buvar és pékusé). 1881-ben a szerző halála után jelent meg töredékes formában, de a hátrahagyott írások között megtalálták a regénytervet és a befejezésre vonatkozó vázlatot is. Flaubert a tudományokba vetett hit értelmetlenségét és ostobaságát ábrázolja benne. Regényét az emberi ostobaság enciklopédiájának szánta, szatirikus ábrázolásmódja hasonló Swiftéhez.