A történet talán legszánalmasabb figurája a férj, Charles Bovary. Neve beszélő név, a latin bos, bovis szóra emlékeztet, mai ökröt jelent. A narrátor az első fejezetben úgy emlékszik vissza gyermekkori barátjára és iskolatársára, mint aki félszeg és ügyetlen fiúcska volt az iskolában. Rajta nevetett az egész osztály, még tanára is megbüntette, százszor le kellett írnia, hogy „nevetséges vagyok”. Az iskolában a nehézfejű magolós diákok közt tartották számon, akinek semmihez sincs igazán tehetsége. 22 éves korában anyja akaratából feleségül vett egy rendkívül csúnya 45 éves özvegyasszonyt, akit Heloïse-nak (e. eloíz) hívnak.

Orvosként is tehetségtelen, a szakmájához nem ért. Egyetemet nem végzett, csak afféle egészségügyi tiszt. Az orvosi szaklapokat nem olvassa, orvosi lexikonját is felvágatlanul hagyja. Fél, hogy betegeinek valami bajt okozhat, ezért csak enyhe gyógyszereket ír fel. Egyetlen komoly próbálkozása is tragikus véget ér. Az yonville-i patikus rábeszélésére megoperálja az Arany Oroszlán fogadó istállószolgájának, Hippolyte-nak (e. ipolit) a lábát. A műtét nem sikerül, az elüszkösödött lábat végül Canivet (e. kanivé) doktor amputálja. Bovary még felesége megmentésére sem képes, pedig tisztában van a gyógyszermérgezéssel, „csak a beteg torkába kellett volna dugnia az ujját, s megmenthette volna a feleségét”.

Bovary úr legnagyobb csődje azonban házassága. Fogalma sincs a házasságról és a női lélekről. Feleségét kényezteti, gyengéd figyelemmel veszi körül, de igazi érzelmi kapcsolatra képtelen. Azt hiszi, hogy ő és Emma boldogan élnek, csodálja feleségét, miközben még férfiúi szerepének sem tud megfelelni. Emma az orránál fogva vezeti őt. Jellemző, hogy megcsalatásáról csupán Emma halála után értesül (elolvassa Rodolphe és LéonEmmához írott leveleit).

Bovary nem tragikus hőse, inkább tragikomikus, groteszkfigurája a regénynek. Kisszerűsége megváltoztathatatlan, szerencsétlensége jelleméből fakad. Emma ellentétpárja is egyben: szánalmas, nevetséges figura.